Stefan Krämer

PhD-Student Bioinformatik

Helmholtz Zentrum für Umweltforschung - UFZ
Nachwuchsgruppe Bioinformatik & Transkriptomik
Department Molekulare Systembiologie
Permoserstr. 15
04318 Leipzig
Gebäude: Gebäude 4.1 und 4.2
Raum: Raum 239
Phone: +49 341 235 1353
Email: stefan.kraemer@ufz.de
PhD-Student Stefan Kraemer

Fragestellung:

Wie können Machine-Learning-Algorithmen dafür verwendet werden, Informationen aus Transkriptom-Daten (Microarrays oder RNA-seq) mit Informationen über die chemische Exposition zu verbinden um Fragen der Umwelttoxikologie zu beantworten oder neue Hypothesen über biologische Wirkmechanismen durch Chemikalien in der Umwelt zu generieren?

Ansätze und Methoden:

Datenintegration von öffentlichen, UFZ-internen bzw. von Kooperationspartnern zur Verfügung gestellten Datensätzen, Hypothesenentwicklung, Klassifikation, Methodenentwicklung und -evaluierung.

Methoden:

  • Machine Learning:
  1. selbstorganisierende Karten
  2. Gen-Netzwerk-Analyse (WGCNA)
  3. Rule Association Mining