Stefan Krämer

PhD-Student Bioinformatik

Helmholtz Zentrum für Umweltforschung - UFZ
Nachwuchsgruppe Bioinformatik & Transkriptomik
Department Molekulare Systembiologie
Permoserstr. 15
04318 Leipzig
Gebäude: Gebäude 4.1 und 4.2
Raum: Raum 239
Telefon: +49 341 235 1353
Email: stefan.kraemer@ufz.de
PhD-Student Stefan Kraemer

Laufende Projekte:

Proxies of the Ecoexposome

Fragestellung:

[1] Können computerbasierte Datenintegrations-Ansätze dafür verwendet werden, Informationen aus Transkriptom-Daten (Microarrays oder RNA-seq) mit Informationen über die chemische Exposition zu verbinden um imwelttoxikologische Fragen zu beantworten.  Können neue Hypothesen über biologische Wirkmechanismen durch Annahme einer Einzelchemikalien-Exposition in der Umwelt generiert werden?

[2] Mithilfe von Textmining kann oeffentlich verfuegbaere biomedizinische Literatur untersucht werden. Hierfuer wird eine Vereinheitlichung der Textterminologie notwendig um Wissen ueber verschiedene Texte miteinander in Bezug zu setzen. Es soll untersucht werden, ob es adaequate Systeme zur Vereinheitlichung von Texten in Bezug auf umwelttoxikologische Fragen gibt und aus solch einem vereinheitlichten System neues vertrauenswuerdiges (umwelt-)toxikologisches Wissen generiert werden kann. Koennen wir mit vorhergesagten Informationen, toxikologische Wissensluecken aufdecken?   

Ansätze und Methoden:

Datenintegration von öffentlichen, UFZ-internen bzw. von Kooperationspartnern zur Verfügung gestellten Datensätzen, Klassifikation und datengetriebene Bewertung von Einzelstoff- und Mischungsexpositionen, toxikologische Vorhersage, Methodenintegration und -evaluierung.

Methoden:

  1. Selbstorganisierende Karten
  2. Differentielle Genexpressionsanalyse
  3. Gen-Netzwerk-Analyse (WGCNA)
  4. Association rule mining
  5. Text Mining
  6. Neuronale Netzwerke
  7. Machine learning
  Lebenslauf
08/2018 - 08/2021 Doktorand Bioinformatik @Uni Leipzig @MOLSYB/UFZ)
05/2018 - 07/2018 Wissenschaftliche Hilfskraft @BIOTOX/UFZ
10/2017 - 04/2018 Masterarbeit Bioinformatik @Uni Leipzig @BIOTOX/UFZ
10/2015 - 04/2018 Masterstudium Bioinformatik @Uni Leipzig
10/2013 - 09/2015 Masterstudium Lehramt Physik/Biologie
10/2010 - 09/2015 Bachelorstudium Lehramt Physik/Biologie
06/2009 Erlangung mittlere Hochschulreife in Chemnitz