Authoren:

Christoph Kämpf, Michael Specht, Sven-Holger Puppel, Alexander Scholz, Gero Doose, Kristin Reiche, Jana Schor, Jörg Hackermüller

Beschreibung:

uap ist ein Workflow Management Tool welches für die Kontrolle und Wiederholbarkeit der Auswertung von großen Datensätzen benutzt werden kann. Es ermöglicht eine robuste, konsistente und reproduzierbare Datenanalyse. uap kapselt (bioinformatische) Programme und behandelt den Datenfluss und dessen Prozessierung während einer Auswertung. Der Benutzer kann vordefinierte oder selbst erstellte Schritte benutzen um eine benutzerdefinierte Analyse durchzuführen. uap wird bevorzugt für Hochdurchsatzdaten aus Sequenzierexperimenten verwendet, ist jedoch aufgrund seiner plug-in Architektur problemlos in anderen Projekten benutzbar.

Wichtige Links:

Software download https://github.com/yigbt/uap
Documentation https://uap.readthedocs.io/en/master/index.html
Docker Hub  
Docker build's context https://github.com/yigbt/uap-docker
Travis CI https://travis-ci.org/yigbt/uap

Supplement:


Authoren:

Sebastian Canzler, Jörg Hackermüller, Jana Schor

Beschreibung:

Es ist eine sehr langwierige und mühsame Aufgabe, Omics-Datensätze verschiedener molekularer Ebenen, wie z.B. Transkriptom, Proteom und Metabolom, zu sammeln, um sie in einer Multi-Omics-Datenanalyse zu verwenden. Dies liegt hauptsächlich an einer großen Anzahl verschiedener Datenbanken. Aufgrund ihrer nicht einheitlichen Beschaffenheit führt dies zu einem relativ hohen Maß manueller Abfragen.

Um diese Hindernisse zu überwinden, haben wir den Multi-Omics-Datensatz-Finder (MOD-Finder) im Rahmen des CEFIC LRI-C5-XomeTox-Projekts entwickelt. MOD-Finder ist einer R-Shiny-App um effizient zusammengesetzte Omics-Datensätze auf automatisierte Weise zu suchen. Dabei werden mehrere öffentlich verfügbare Datenbanken automatisch nach Datensätzen in Bezug auf eine vom Benutzer angegebene Chemikalie oder Toxin abgefragt. Die Ergebnisse werden in einer einfachen Datentabelle dargestellt. Darüber hinaus werden Chemikalien bezogene Informationen wie IDs, Synonyme, Beschreibung sowie Visualisierungen bezüglich der Chemikalien-Gen Wechselwirkungen oder der Anreicherung von KEGG-Signalwegen bereitgestellt. Der MOD-Finder ist als benutzerfreundlicher Webservice konzipiert.

Wichtige Links:


Webservice https://webapp.ufz.de/mod_finder
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