Mikrobielle Interaktionsökologie

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Forschungsinteressen

Mikroorganismen sind für das Funktionieren natürlicher Ökosysteme unerlässlich. Sie verfügen über ein enormes genetisches, metabolisches und physiologisches Potential und lassen sich in unterschiedliche Trophieebenen einteilen. Um den Zusammenhang zwischen der vielfach noch unbeschriebenen Biodiversität und dem Funktionieren, der Stabilität sowie der Resilienz von Ökosystemen verstehen zu können, müssen wir zwangsläufig diese trophischen Ebenen und deren Wechselwirkungen stärker in Betracht ziehen.

Die Arbeitsgruppe Mikrobielle Systemökologie möchte die Bedeutung der mikrobiellen Biodiversität vor dem Hintergrund des globalen Wandels in Feldstudien wie auch in Laborexperimenten aufzuklären. Die Anwendung von molekularbiologischen und Omics-Methoden ermöglicht es uns, die Dynamik mikrobieller und viraler Lebensgemeinschaften in verschiedenen Lebensräumen und über verschiedene zeitliche und räumliche Skalen hinweg zu analysieren. Insbesondere sollen die ökologischen und evolutionären Auswirkungen mikrobieller Interaktionen mit Hilfe kontrollierter mikrobieller Systeme überprüft werden. Diese Laborsysteme reichen von miniaturisierten statischen Systemen bis zu räumlich strukturierten Versuchssystemen (d. h. experimentelle Metacommunities). Unsere Gruppe untersucht dabei alle wesentlichen mikrobiellen Akteure (Bakterien, Viren (Phagen), Protisten).



Aktuelle Projekte und Kooperationen


  • Virus diversity / viromes in soils along land-use gradients (mit Michael Schloter, TU München, Helmholtz Zentrum Munich; Biodiversity Exploratories SPP 1374)
  • Viromes and virus-host / virus-fungi interactions in subsurface systems/groundwater (mit DFG-CRC AquaDiva Partnern, AquaDiva, UFZ AG Bioavailability, Lukas Wick, and UFZ AG Flow Cytometry, Susann Müller)
  • Virus-host interactions: Evolutionary rescue in the context of community complexity, stressors and metacommunities (mit iDiv)
  • Computational approaches in studying microbiomes and recovery of metagenome assembled genomes (mit UFZ AG Microbial Data Science Ulisses Nunes da Rocha, João Pedro Saraiva)
  • Microbiomes and Viromes in rivers (mit UFZ Department River Ecology, Markus Weitere)
  • Lake and amphibian microbiomes (mit Vance Vredenburg , San Francisco State University; ENSAT, Toulouse France; P3)
  • Functional traits of phytoplankton along environmental gradients (mit iDiv: Susanne Dunker, Stan Harpole, Adam Clark (jetzt Universität Graz)
  • Micropredators controlling bacterial pathogens in aquatic systems: (mit Edouard Jurkevitch, Yossi Cohen, Hebrew University of Jerusalem; UFZ AG Flow Cytometry, Susann Müller)
  • Microscopic imaging of Bdellovibrio and Bdellovibrio-Host interactions (mit Nedal Said, Matthias Schmidt, ProVIS)
  • Identification of key players and microbial interactions during pesticide degradation; impact of pesticides on trophic networks (mit Dimitris Karpouzas, University of Thessaly, Greece, EU-ITN ARISTO)
  • The effects of future climatic conditions on protists, predatory microbes and phage under different land use scenarios (GCEF (mit Anna Heintz-Buschart UFZ Department Soil Ecology, iDiv)
  • SARS-CoV-2 RNA in wastewater (mit TU Dresden, UFZ AGs Attinger, Müller)
  • Exploring the potential of phage and microbiomes to control pathogens in aquaculture (mit Ines Sviličić Petrić, Damir Kapetanović , Ruđer Bošković Institute, Zagreb, Croatia

Wissenschaftler/-innen

Dr. René Kallies: Virale Diversität, Viromics

Dr. Anke Kuppardt-Kirmse (Wackwitz): Protistendiversität, Räuber-Beute-Interaktionen

Dr. Canan Karakoç: Experimentelle Ökologie und Evolution


Doktoranden/-innen

Peter Hofmann: Variabilität physiologischer und morphologische Merkmale von Phytoplankton entlang von Umweltgradienten, Mikrokosmenversuche

Judit Laufer: Zusammensetzung und Interaktionen mikrobieller Gemeinschaften in Hochgebirgsseen (P3-Projekt)

Adriana Paula Bernardo Cravo: Zusammensetzung des Hautmikrobioms von Amphibien, Verbreitung des Chytridpilz-Erregers (P3-Projekt)

Krupa Parmar: Viren und deren Einfluss auf mikrobielle Gemeinschaften im Untergrund/im Aquifer (SFB AquaDiva)


Techniker/-innen

Anett Heidtmann

Nicole Steinbach

Josephine Arnold (Lehrling)


Studenten/-innen

Alla Kavtea (Universität Leipzig)


Gastwissenschaftler/-innen

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Weitere Informationen über laufende Projekte und Kooperationen finden Sie auf den Internetseiten des Gruppenleiters Antonis Chatzinotas und der Gruppenmitglieder


Publikationen

Unsere Publikationen finden Sie auf den jeweiligen Internetseiten der Gruppenmitglieder.


Aktuell ausgeschriebene Doktorandenstellen, sowie Master- Bachelorarbeiten und Praktika finden sich unter
Jobs und Ausbildung