Sequenzierungsplattformen

Illumina MiSeq™-System

Das Illumina MiSeq-System ist auf die gezielte Sequenzierung von Amplikons und kleinen Genomen, sowie die Metagenomik ausgerichtet. Die MiSeq-Reagenzien ermöglichen einen Output von bis zu 15 GB Output mit 25 Millionen Reads und Leselängen von 2 × 300 bp ( Illumina Miseq).

Das Illumina MiSeq-System wird hauptsächlich im Labor 2.02, Gebäude 4.1 für die Amplikonsequenzierung von 16S und 18S rRNA Genen und ITS eingesetzt.

Geräteverantwortliche sind Nicole Steinbach (nicole.steinbach@ufz.de; Department AME) und Stephan Schreiber (stephan.schreiber@ufz.de; Department BIOINF). Bei den Geräteverantwortlichen können Termine für die Sequenzierung gebucht werden. Sie stehen auch für Fragen zur Vorbereitung der Bibliothek gerne zur Verfügung, allerdings gibt es für das MiSeq-System keinen Probenvorbereitungsservice; dies übernimmt jeder Nutzer selbst oder kann über Kooperationen erfolgen.

MinION™ (Oxford Nanopore Technologies)

Des MinION ist ein leistungsstarkes, tragbares Sequenziergerät, das einen kostengünstigen Echtzeitzugang zu Gigabasen von Long-Read-Sequenzierdaten bietet. Der MinION ist so leistungsfähig, dass er bis zu 30 GB an Daten liefern kann. Er kann sowohl für die DNA- als auch für die RNA-Sequenzierung eingesetzt werden. 

Mögliche Anwendungen sind die Sequenzierung ganzer Genome/Exome, die Metagenomik, gezielte Sequenzierung von Amplikons, Transkriptomsequenzierungen (cDNA, RNA) und Multiplexing für kleinere Proben. 

Die Nanopore-Sequenzierung wird hauptsächlich im Labor 2.02, Gebäude 4.1 durchgeführt. Verantwortlich für den MinION-Sequenzer ist Dr. Nawras Ghanem (nawras.ghanem@ufz.de).