XomeTox - Multi-omics Datenbasis


Workpackage 1 beinhaltet die Erstellung und Zusammentragung geeigneter multi-omics Datensätze und die nachfolgenede Evaluierung und Analyse mittels verschiedener multi-omics Integrations Methoden.

Folgende multi-omics Datensätze wurden zusammengetragen:

1. Maus Hepatozyten

  • Wirkstoff: benzo[a]pyrene
  • Konzentration: 50nM, 5000nM
  • Zeitpunkte: 2h, 4h, 8h, 12h, 24h
  • Transcriptome:
  • Proteome:
    • Kalkhof et al. (2015)
    • Pubmed ID: 25362887
    • UFZ-Daten
  • Metabolome:
    • Kalkhof et al. (2015)
    • Pubmed ID: 25362887
    • UFZ-Daten


2. Humane HepG2 Zellen

  • Wirkstoff: Ketoconazole
  • Transcriptome:
    • Open TG-Gates daten (ref)
    • Konzentration: 600nM, 3000nM, 15000nM
    • Zeitpunkt: 2h, 8h, 24h
  • Proteome:
    • Wewering et al. (2017)
    • Pubmed ID: 26965496
    • Konzentration: 1000nM, 10000nM
    • Zeitpunkt: 24h
    • UFZ-Daten
  • Metabolome:
    • Wewering et al. (2017)
    • Pubmed ID: 26965496
    • Konzentration: 1000nM, 10000nM
    • Zeitpunkt: 24h
    • UFZ-Daten


3. Nanopartikel

  • Wirkstoff: Titandioxid (TiO2)
  • Transcriptome:
    • Tuomela et al. (2013)
    • Pubmed ID: 23894303
    • NCBI GEO: GSE39316
    • Gewebe: human monocyte-derived macrophages (HMDM)
    • Konzentration: 1000ng/ml, 10000ng/ml
    • Zeitpunkt: 6h, 24h of exposure
  • Proteome:
    • Daten stammen vom UFZ Projekt NanoToxClass
    • noch nicht veröffentlicht
    • Gewebe: human alveolar epithelial cells RLE-6TN
    • Konzentration: 10000ng/cm3
    • Zeitpunkt: 24h after exposure
  • Metabolome
    • Daten stammen vom UFZ Projekt NanoToxClass
    • noch nicht veröffentlicht
    • Gewebe: human alveolar epithelial cells RLE-6TN
    • Konzentration: 10000ng/cm3
    • Zeitpunkt: 24h after exposure


4. Nanopartikel

  • Wirkstoff: Siliziumdioxid (SiO2)
  • Transcriptome:
    • Fede et al. (2014)
    • Pubmed ID: 25170680
    • NCBI GEO: GSE53700
    • Gewebe: human lung adeoncarcinoma A549
    • Partikelgrösse: 9nm (SM30), 18nm (AS30)
    • Konzentration: 0.6mg/ml
    • Anwendungsdauer: 2h
    • Erholung nach Anwendung : 3h, 22h
  • Proteome:
    • Daten stammen vom UFZ Projekt NanoTox Class
    • noch nicht veröffentlicht
    • Gewebe: human alveolar epithelial cells RLE-6TN
    • Konzentration: 10000ng/cm3
    • Zeitpunkt: 24h after exposure
  • Metabolome:
    • Daten stammen vom UFZ Projekt NanoTox Class
    • noch nicht veröffentlicht
    • Gewebe: human alveolar epithelial cells RLE-6TN
    • Konzentration: 10000ng/cm3
    • Zeitpunkt: 24h after exposure


5. Pregninolone carbonitrile

  • Nagahori et al. (2017)
  • Pubmed ID: 28825834
  • Organismus: Rattus norvegicus
  • Wirkstoff: pregninolone carbonitrile
  • Gewebe: liver homogenate
  • Transcriptome:
    • NCBI GEO: GSE95475
    • Konzentration: 100 mg/kg/day
    • Exposition: 7 days
    • Zeitpunkt: after 7 days
  • Proteome:
    • jPOST: JPST000258
    • Konzentration: 25, 50, 100 mg/kg/day
    • Exposition: 7 days
    • Zeitpunkt: after 7 days
  • Metabolome:
    • Konzentration: 25, 50, 100mg/kg/day
    • Exposition: 7 days
    • Zeitpunkt: after 7 days
    • Metabolite: 88