XomeTox - Multi-omics Datenbasis

Workpackage 1 beinhaltet die Erstellung und Zusammentragung geeigneter multi-omics Datensätze und die nachfolgenede Evaluierung und Analyse mittels verschiedener multi-omics Integrations Methoden.

Folgende multi-omics Datensätze wurden zusammengetragen:

1. Maus Hepatozyten

• Wirkstoff: benzo[a]pyrene
• Konzentration: 50nM, 5000nM
• Zeitpunkte: 2h, 4h, 8h, 12h, 24h
• Transcriptome:

• Michaelson et al. (2011)
  
• Pubmed ID: 21995607
• NCBI GEO: GSE29188

• Proteome:

• Kalkhof et al. (2015)
  
• Pubmed ID: 25362887
• UFZ-Daten
  

• Metabolome:

• Kalkhof et al. (2015)
• Pubmed ID: 25362887
• UFZ-Daten
  

2. Humane HepG2 Zellen

• Wirkstoff: Ketoconazole
• Transcriptome:

• Open TG-Gates daten (ref)
• Konzentration: 600nM, 3000nM, 15000nM
• Zeitpunkt: 2h, 8h, 24h

• Proteome:

• Wewering et al. (2017)
• Pubmed ID: 26965496
• Konzentration: 1000nM, 10000nM
• Zeitpunkt: 24h
  
• UFZ-Daten
  

• Metabolome:

• Wewering et al. (2017)
• Pubmed ID: 26965496
• Konzentration: 1000nM, 10000nM
• Zeitpunkt: 24h
  
• UFZ-Daten
  

3. Nanopartikel

• Wirkstoff: Titandioxid (TiO²)
• Transcriptome:

• Tuomela et al. (2013)
• Pubmed ID: 23894303
• NCBI GEO: GSE39316
• Gewebe: human monocyte-derived macrophages (HMDM)
• Konzentration: 1000ng/ml, 10000ng/ml
• Zeitpunkt: 6h, 24h of exposure

• Proteome:

• Daten stammen vom UFZ Projekt NanoToxClass
• noch nicht veröffentlicht
• Gewebe: human alveolar epithelial cells RLE-6TN
• Konzentration: 10000ng/cm3
• Zeitpunkt: 24h after exposure

• Metabolome

• Daten stammen vom UFZ Projekt NanoToxClass
• noch nicht veröffentlicht
• Gewebe: human alveolar epithelial cells RLE-6TN
• Konzentration: 10000ng/cm3
• Zeitpunkt: 24h after exposure

4. Nanopartikel

• Wirkstoff: Siliziumdioxid (SiO²)
• Transcriptome:
  
  • Fede et al. (2014)
    
  • Pubmed ID: 25170680
  • NCBI GEO: GSE53700
  • Gewebe: human lung adeoncarcinoma A549
  • Partikelgrösse: 9nm (SM30), 18nm (AS30)
  • Konzentration: 0.6mg/ml
  • Anwendungsdauer: 2h
  • Erholung nach Anwendung : 3h, 22h
• Proteome:
  
  • Daten stammen vom UFZ Projekt NanoTox Class
  • noch nicht veröffentlicht
  • Gewebe: human alveolar epithelial cells RLE-6TN
  • Konzentration: 10000ng/cm3
  • Zeitpunkt: 24h after exposure
    
• Metabolome:
  
  • Daten stammen vom UFZ Projekt NanoTox Class
    
  • noch nicht veröffentlicht
  • Gewebe: human alveolar epithelial cells RLE-6TN
  • Konzentration: 10000ng/cm3
  • Zeitpunkt: 24h after exposure

5. Pregninolone carbonitrile

• Nagahori et al. (2017)
  
• Pubmed ID: 28825834
• Organismus: Rattus norvegicus
• Wirkstoff: pregninolone carbonitrile
• Gewebe: liver homogenate
• Transcriptome:
  
  • NCBI GEO: GSE95475
  • Konzentration: 100 mg/kg/day
  • Exposition: 7 days
  • Zeitpunkt: after 7 days
• Proteome:
  
  • jPOST: JPST000258
  • Konzentration: 25, 50, 100 mg/kg/day
  • Exposition: 7 days
  • Zeitpunkt: after 7 days
    
• Metabolome:
  
  • Konzentration: 25, 50, 100mg/kg/day
  • Exposition: 7 days
  • Zeitpunkt: after 7 days
  • Metabolite: 88