Die Belüftung sulfidischer Gesteine während des Tagebaubetriebes führt zur Bildung von Schwefelsäure und Eisensulfat, das unter weiterer Säurebildung zum Eisenhydroxid hydrolysiert. Bergbaurestseen in Gebieten mit schwefelreichen Kohlen und erhöhten Pyritgehalten im Abraum weisen, wenn sie mit aufkommendem Grundwasser gefüllt wurden, pH-Werte von 2 - 3 auf, wobei die geogen versauerten Wässer im sauren Bereich durch Eisen und z.T. durch Aluminium gepuffert sind. In den Biozönosen fehlen Tiere, die zum Aufbau ihrer Skelette Kalk benötigen, ebenso Pflanzen, die Bikarbonat für ihre Photosynthese verwenden müssen. Eine Verarmung an Arten ist ferner auf die im Sauren erhöhten Gehalte an Aluminium und Schwermetallen zurückzuführen. Nicht nur durch das Fehlen der Fische sind die versauerten Seen in ihrer Nutzbarkeit stark eingeschränkt. Maßnahmen zur Entsauerung sind erforderlich. Vor allem die größeren Seen sollten von Beginn an fischereilich und für Badezwecke geeignet sein. Versauerungsgefährdete Restlöcher und sie umgebende Kippen sind bevorzugt mit bikarbonathaltigem Oberflächenwasser zu füllen. Für die Kippenrekultivierung sind basische Materialien und sauerstoffzehrende organische Stoffe erwünscht. Am nachhaltigsten kann der Säureaustrag verhindert werden, wenn die Kippen sich mit anaerobem Grundwasser füllen. Eine geschlossene Dauervegetation verringert durch die Transpiration die Grundwasserneubildung und damit den Transport von Säure und Schwermetallen in die Restseen. Eine Kalkneutralisation des sauren Seewassers ist wegen der Pufferung und des hohen Basenbedarfs nur ausnahmsweise zu empfehlen. Aus Naturbeobachtungen bekannte Prozesse der Säurebindung, wie z.B. Denitrifikation und Desulfurikation sollen systematisch für Entsauerungs-Ökotechnologien erschlossen werden. Diese Prozesse funktionieren nur im anaeroben Milieu, wie es sich im Tiefenwasser eutropher Seen, in organischen Seeschlämmen oder auch unter abgestorbenen Pflanzenteilen im Gelegegürtel einstellt. Diese Entsauerungsstrategie ist der bislang fast ausschließlich betriebenen Bekämpfung der Eutrophierung konträr entgegengesetzt. Bei versauerten Seen beschleunigt eine kontrollierte Eutrophierung in der Füllphase den natürlichen Neutralisierungsprozess. Die mikrobielle Entsauerung kann durch physikalische Schichtungsstabilisierung unterstützt werden, d.h. durch Maßnahmen, die auch in den anfangs gering produktiven Gewässern anaerobe Tiefenbereiche entstehen lassen.