Die Bewirtschaftung von Bundeswasserstraßen ist zweigeteilt. Während der Bund mit der Bundeswasserstraßenverwaltungfür die Funktion als Verkehrsweg zuständig ist, sind die Bundesländer für die sonstige wasserrechtliche Bewirtschaftung einschließlich ökologischer Belange zuständig. Die Zweiteilung der Aufgaben- und Befugnisse behindert eine integrierte Gewässerbewirtschaftung und das Erreichen der Ziele der Wasserrahmenrichtlinie (WRRL). Damit die Bundeswasserstraßenverwaltung ihr Wissen und ihre Fähigkeiten stärker für die gewässerökologische Verbesserung einsetzen kann, bedarf es einer Modernisierung des Bundeswasserstraßengesetz (WStrG) und einer Harmonisierung mit dem Wasserhaushaltsgesetz n. F (WHG). Mit der Föderalismusreform ist 2006 der Weg für eine ökologische Ausrichtung des WStrG frei gemacht wurden.