Microarray Data - Transcriptional expression - Livertissue - 48h Exposure of adult fathead minnows Small Streams US 0 8332

Projekt
POF3 - T42 - Exposome - ProxiesOfTheEcoexposome - 10STREAMS
Beschreibung
The zip file contains 71 txt-files with output of Agilent Microarray gene expression analysis
Platform: GPL9248

File names encode site and running number:
[Site-ID]-[RunNr].txt, for example 15EM014-36 presents site identified with 15EM14 and was measured as 36th microarray in the laboratory.

Streamsites:
Samples of streamwater were collected in September and October 2014.In total 146 chemicals were measured (with duplicated measurements, 142 unique compounds)

Exposure experiments:
7-8 Adult and sexually mature fish (Fathead minnow - Pimephales promelas) were exposed for 48h to either streamwaters of a specific site or clean control water (filtered, ultraviolet lighttreated Lake Superior water). Flow rates, photoperiod, feeding, water temperature and dissolved oxygen levels were kept the same for all fish exposures. Microarray-based analysis of liver gene expression was conducted using a custom 60K feature fathead minnow DNA microarray following previously published protocols (Martinović-Weigelt, D., et al., Transcriptomic Effects-Based Monitoring for Endocrine Active Chemicals: Assessing Relative Contribution of Treated Wastewater to Downstream Pollution. Environ Sci Technol, 2014. 48(4): p. 2385-2394.)
Größe
593,0 MB
Lizenz- und Nutzungsbedingungen
LIZENZ- und NUTZUNGSBEDINGUNGEN
Datenqualität
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Metadaten Kataloge
Dublin Core
URI
http://www.ufz.de/record/dmp/archive/8332
Thema
Raw Microarray transcriptional gene expression data
Geltungsbereich
Small Streams Minnesota, US
Datenart
Datensatz (in einem definierten Format strukturierte Daten)
Datenqualität
qualitätsgesicherte Daten
Datenstatus
Rohdaten
Datenformat
zip
txt
Urheber
Krämer, Stefan
Beitragende
Krämer, Stefan
Dalma Martinovic-Weigelt
Herausgeber
Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung
Rechteinhaber
Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung
Quelle/Ursprung
Dalma Martinovic-Weigelt, University of St.Thomas (St.Paul, MN, US)
Kontakt
Contact content: Stefan Kraemer (stefan.kraemer@ufz.de)
Contact data generation: Dalma Martinovic-Weigelt (mart6831@stthomas.edu)
Zeitpunkt oder -bereich der Erzeugung der Daten
28.03.2018
Sprache des Inhalts
Englisch
Aktualisierungspolitik
Der Datenbestand wird nicht erweitert
Zugriffsrechte
beschränkter Zugriff