MuDoGeR genome recovery from clinical samples by Taur et al. 2018 0 14253

Projekt
POF3 - T4 - Chemicals in the environment - pHuMAGs
Beschreibung
Comparing MuDoGeR genome-centric diversity with Kraken. To illustrate Kraken microbiome analysis, Lu et al., 2022 (https://www.nature.com/articles/s41596-022-00738-y) applied it to three metagenomic sequencing samples collected from Taur et al., 2018 (https://www.science.org/doi/full/10.1126/scitranslmed.aap9489). The samples exemplify a normal state of the patient microbiome and its reduced diversity state after antibiotic treatment.

Used samples: SRR14092160, SRR14092310, and SRR14143424,

After recovering the genomes from the clinical samples (MuDoGeR modules 1-4), we applied MuDoGeR module 5 to perform a complete read mapping against the recovered sequences.

This archive contains the complete outputs from the MuDoGeR application on the 3 samples and is intended as a Usecase of the MuDoGeR tool.

MuDoGeR: https://github.com/mdsufz/MuDoGeR
Größe
60,5 GB
Lizenz- und Nutzungsbedingungen
LIZENZ- und NUTZUNGSBEDINGUNGEN
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Metadaten Kataloge
Dublin Core
URI
https://www.ufz.de/record/dmp/archive/14253
Thema
Samples used as use case in the MuDoGeR paper
Veröffenlichungsdatum
16.10.2023
Datenart
Sammlung verschiedener Daten
Urheber
Kasmanas, Jonas Coelho
Herausgeber
Helmholtz-Centre for Environmental Research
Rechteinhaber
Helmholtz-Centre for Environmental Research
Zeitpunkt oder -bereich der Erzeugung der Daten
16.10.2023
Sprache des Inhalts
Englisch
Zugriffsrechte
freier Zugriff