Forschen für die Umwelt

Franziska Dautel

Lebenslauf / Akademische Ausbildung od. CV / Scientific Career

Berufliche Tätigkeiten / Occupational activities (wenn eigener Bereich)

Forschungsschwerpunkte / Research interests

-Identifizierung von Zellantworten auf Proteinebene, die durch den karzinogenen Schadstoff Benzo(a)pyren induziert werden-

Benzo(a)pyren (B(a)P) ist ein karzinogener polyaromatischer Schadstoff, der durch unvollständige Verbrennungsvorgänge entsteht und zum Beispiel im Zigarettenrauch vorkommt. Im Systembiologieprojekt "Schadstoffmoleküle" der Helmholtz-Allianz für Systembiologie werden die durch B(a)P induzierten Veränderungen in Hepa1c1c7-Zellen mit verschiedenen Methoden analysiert. Ziel dieser Analysen ist die Entwicklung eines komplexen mathematischen Modells um Vorhersagen über die biologische Bedeutung für strukturell ähnliche Schadstoffe ohne weitere experimentelle Arbeiten zu treffen. Für dieses Modell werden verlässliche quantitative Proteomdaten benötigt. Veränderungen in der Proteinexpression werden über Techniken wie die 2D-Gelelektrophorese mit Fluoreszenzfarbstoffen (2D-DIGE) und massenspektrometrischer Analyse (MALDI-/ ESI-MS) detektiert. Des weiteren kommen neue Gel-freie MS-basierte Methoden wie SILAC (Einbau von isotopen-markierten Aminosäuren in Zellkultur) und MRM (gezielte quantitative Bestimmung eines Proteins) zum Einsatz.

Techniken

• 1D- and 2D-Gelelektrophorese
• 2D-DIGE (2D-Gelektrophorese mit Fluoreszenzfarbstoffen)
• MS-basierte Identifizierung von differentiell exprimierten Proteinen (MALDI- or ESI- MS)
• Zellkultur mit Hepa1c1c7-Zellen
• MS-basierte, Gel-freie Techniken: SILAC und MRM

Kooperationen / Projekte | Co-operations / Projects

Helmholtz-Allianz für Systembiologie
Schadstoffmoleküle
Laufzeit 2008-2011
Partner: UFZ, TU-Dresden, EAWAG Zürich
Ansprechpartner:
Frau Dr. Irina Lehmann, irina.lehmann@ufz.de
Frau Dr. Saskia Trump, saskia.trump@ufz.de

Publikationen / Publications

aktuelle Publikationen

Kliemt S, Lange C, Otto W, Hintze V, Möller S, von Bergen M, Hempel U, Kalkhof S. 
Sulfated hyaluronan containing collagen matrices enhance cell-matrix-interaction, endocytosis, and osteogenic differentiation of human mesenchymal stromal cells.  
J Proteome Res. 2012 Nov 21. [Epub ahead of print] PMID:23170904

Haange SB, Oberbach A, Schlichting N, Hugenholtz F, Smidt H, von Bergen M, Till H, Seifert J.
Metaproteome analysis and molecular genetics of rat intestinal microbiota reveals section and localisation resolved spec    ies distribution and enzymatic functionalities.
J Proteome Res. 2012 Nov 2;11(11):5406-17. PMID: 23016992   

Müller SA, van der Smissen A, von Feilitzsch M, Anderegg U, Kalkhof S, von Bergen M.
Quantitative proteomics reveals altered expression of extracellular matrix related proteins of human primary dermal fibroblasts in response to sulfated hyaluronan and collagen applied as artificial extracellular matrix.
J Mater Sci Mater Med. 2012 Dec;23(12):3053-65. PMID: 22990618

Goettsch C, Kliemt S, Sinningen K, von Bergen M, Hofbauer LC, Kalkhof S.
Quantitative proteomics reveals novel functions of osteoclast-associated receptor in STAT signaling and cell adhesion in human endothelial cells.
J Mol Cell Cardiol. 2012 Dec;53(6):829-37. PMID: 22985931    

Salbach J, Kliemt S, Rauner M, Rachner TD, Goettsch C, Kalkhof S, von Bergen M, Möller S, Schnabelrauch M, Hintze V, Scharnweber D, Hofbauer LC.
The effect of the degree of sulfation of glycosaminoglycans on osteoclast function and signaling pathways.
Biomaterials 2012 Nov;33(33):8418-29. PMID: 22954516

Guazzaroni ME, Herbst FA, Lores I, Tamames J, Peláez AI, López-Cortés N, Alcaide M, Del Pozo MV, Vieites JM, von Bergen M, Gallego JL, Bargiela R, López-López A, Pieper DH, Rosselló-Móra R, Sánchez J, Seifert J, Ferrer M.
Metaproteogenomic insights beyond bacterial response to naphthalene exposure and bio-stimulation.
ISME J. 2012 Jul 26. doi: 10.1038/ismej.2012.82.[Epub ahead of print] PMID: 22832345

Taubert M, Vogt C, Wubet T, Kleinsteuber S, Tarkka MT, Harms H, Buscot F, Richnow HH, von Bergen M, Seifert J
Protein-SIP enables time-resolved analysis of the carbon flux in a sulfate-reducing, benzene-degrading microbial consortium.
ISME J. 2012 Jul 12. doi: 10.1038/ismej.2012.68. [Epub ahead of print] PMID: 22791237. 

Boll K, Reiche K, Kasack K, Mörbt N, Kretzschmar AK, Tomm JM, Verhaegh G, Schalken J, von Bergen M, Horn F, Hackermüller J.
MiR-130a, miR-203 and miR-205 jointly repress key oncogenic pathways and are downregulated in prostate carcinoma.
Oncogene. 2012 Mar 5. doi: 10.1038/onc.2012.55. [Epub ahead of print] PubMed PMID: 22391564.

Haas S, Jahnke HG, Moerbt N, von Bergen M, Aharinejad S, Andrukhova O, Robitzki AA
DIGE proteome analysis reveals suitability of ischemic cardiac in vitro model for studying cellular response to acute ischemia and regeneration.
PLoS One. 2012;7(2):e31669. Epub 2012 Feb 22. PubMed PMID: 22384053