Metaproteomik zur Untersuchung mikrobieller Gemeinschaften
Ziel unserer Versuche ist die Beschreibung der funktionellen Biodiversität innerhalb einer mikrobiellen Lebensgemeinschaft.
Die geringe Größe von Mikroorganismen und die schwierige Charakterisierung morphologischer und funktioneller Parameter erschwert ihre direkte Untersuchung und Differenzierung in Mischkulturen wie Umweltproben.
Proteine werden aus den Zellen extrahiert, mit 1D-PAGE Elektrophorese bzw. chromatographischen Methoden getrennt und mit Hilfe der Massenspektometrie identifiziert. Die Analyse ihres Metaproteoms (Proteom der Mischkultur) sowie der Proteome der einzelnen Subpopulationen wird auf Grund der Methodenkombination bisher einzigartige Ergebnisse über die Wechselwirkungen zwischen den Mikroorganismen in einer Mischkultur geliefert.
Unter Einbeziehung der Daten zur strukturellen Biodiversität sollen Modelle entwickelt werden, die das System beschreiben und eventuell Prognosen über die Entwicklung der Biozönose ermöglichen.