Stefan Krämer
PhD-Student Bioinformatik
Nachwuchsgruppe Bioinformatik & Transkriptomik
Department Molekulare Systembiologie
Permoserstr. 15
04318 Leipzig
Laufende Projekte:
Fragestellung:
[1] Können computerbasierte Datenintegrations-Ansätze dafür verwendet werden, Informationen aus Transkriptom-Daten (Microarrays oder RNA-seq) mit Informationen über die chemische Exposition zu verbinden um imwelttoxikologische Fragen zu beantworten. Können neue Hypothesen über biologische Wirkmechanismen durch Annahme einer Einzelchemikalien-Exposition in der Umwelt generiert werden?
[2] Mithilfe von Textmining kann oeffentlich verfuegbaere biomedizinische Literatur untersucht werden. Hierfuer wird eine Vereinheitlichung der Textterminologie notwendig um Wissen ueber verschiedene Texte miteinander in Bezug zu setzen. Es soll untersucht werden, ob es adaequate Systeme zur Vereinheitlichung von Texten in Bezug auf umwelttoxikologische Fragen gibt und aus solch einem vereinheitlichten System neues vertrauenswuerdiges (umwelt-)toxikologisches Wissen generiert werden kann. Koennen wir mit vorhergesagten Informationen, toxikologische Wissensluecken aufdecken?
Ansätze und Methoden:
Datenintegration von öffentlichen, UFZ-internen bzw. von Kooperationspartnern zur Verfügung gestellten Datensätzen, Klassifikation und datengetriebene Bewertung von Einzelstoff- und Mischungsexpositionen, toxikologische Vorhersage, Methodenintegration und -evaluierung.
Methoden:
- Selbstorganisierende Karten
- Differentielle Genexpressionsanalyse
- Gen-Netzwerk-Analyse (WGCNA)
- Association rule mining
- Text Mining
- Neuronale Netzwerke
- Machine learning
Lebenslauf | |
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08/2018 - 08/2021 | Doktorand Bioinformatik @Uni Leipzig @MOLSYB/UFZ) |
05/2018 - 07/2018 | Wissenschaftliche Hilfskraft @BIOTOX/UFZ |
10/2017 - 04/2018 | Masterarbeit Bioinformatik @Uni Leipzig @BIOTOX/UFZ |
10/2015 - 04/2018 | Masterstudium Bioinformatik @Uni Leipzig |
10/2013 - 09/2015 | Masterstudium Lehramt Physik/Biologie |
10/2010 - 09/2015 | Bachelorstudium Lehramt Physik/Biologie |
06/2009 | Erlangung mittlere Hochschulreife in Chemnitz |