Johannes Schmidt, M.Sc.

Kontakt/Adresse

Johannes Schmidt, M.Sc.
Wissenschaftlicher MA

Department für Molekulare Systembiologie (MOLSYB)
Helmholtz-Zentrum
für Umweltforschung - UFZ
Permoserstr. 15
04318 Leipzig, Germany

Tel: 0341 235 1078 
johannes.schmidt@ufz.de

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Curriculum Vitae

Seit 01-2017

Wissenschaftlicher Mitarbeiter im Department für Molekulare Systembiologie (MOLSYB) am Helmholtz-Zentrum, für Umweltforschung

10-2013 - 12-2016

Doktorand im Department für Molekulare Systembiologie (ehemals Department für Proteomik) am Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung

09-2013

Wissenschaftliche Hilfskraft im Department für Proteomik am Helmholtz-Zentrum für Umweltforschung – UFZ, Leipzig

03-2013 – 09-2013

Masterarbeit mit dem Titel „Methoden zur Gewinnung von Proteinextrakten aus Muskelgewebe für die 2D-Gel bzw. LC-MS-basierte Proteomanalyse“ am Proteom Zentrum Rostock

10-2011 – 09-2013

Masterstudium im Studiengang „Mikrobiologie und Biochemie“ an der Universität Rostock

08-2011

Teilnahme und Präsentation der Bachelorarbeit in der „5th European Summer School – Proteomics Basics“ in Brixen, Italien

03-2011 – 09-2011

Bachelorarbeit mit dem Titel „Entwicklung proteinanalytischer Methoden zur Titerbestimmung therapeutischer Antikörper am Beispiel von Rituximab“ am Proteom Zentrum Rostock

10-2008 – 09-2011

Bachelorstudium im Studiengang „Biowissenschaften“ an der Universität Rostock

10-2007 – 09-2008

Allgemeiner Grundwehrdienst in der Luftwaffe der Bundeswehr der Bundesrepublik Deutschland

07-2007

Abitur am John-Brinckman-Gymnasium in Güstrow


Projektbeschreibung

Meine Promotion ist in dem Sonderforschungsbereich Transregio 67 der Deutschen Forschungsgemeinschaft (DFG) eingegliedert. Dieser hat die Zielsetzung, mittels Methodenentwicklung und klinischer Tests, Biomaterialien zu entwickeln, die unterstützend in den Heilungsverlauf von Haut- und Knochendefekten eingreifen. Glykosaminoglykane stehen, als natürliche Komponente der extrazellulären Matrix, im Fokus dieser Entwicklung.
Die molekulare Reaktion biologischer Systeme auf verschiedene Glykosaminoglykane ist Gegenstand meiner Promotion. Dabei untersuche ich sowohl Fibroblasten als auch Osteoblasten und Osteoklasten in unterschiedlichen Zellkultursystemen in An- und Abwesenheit von Glykosaminoglykanen. Mittels globaler und quantitativer Proteomik und Phosphoproteomik und unter Nutzung der Massenspektrometrie, können Anpassungen der Zellen auf Basis einer veränderten Proteinexpression und Aktivität spezifischer Signalwege ermittelt werden.
Darüber hinaus bin ich an der Entwicklung einer Methode auf Basis der Mikrodialyse beteiligt, die es ermöglichen soll, Proteine und Metaboliten direkt aus dem Wundbereich zu extrahieren und zu analysieren.


Methoden und Kompetenzen

  • Erfahrung im Umgang mit verschiedenen Massenspektrometern, u.a. QExactive, LTQ-Orbitrap Velos, LTQ-Orbitrap XL ETD (alle Thermo Scientific), Synapt G2-S , Xevo-G2-S (beide Waters) sowie verschiedenen MALDI-ToF Geräten
  • Proteinextraktion aus verschiedenen biologischen Systemen, inklusive 2D- und 3D-Zellkultursystemen, Geweben und Körperflüssigkeiten
  • verschiedene Methoden zur Aufarbeitung und Fraktionierung von Proteinen und Peptiden inklusive 1D-Gelelektrophorese, Gel-freier Proteinfraktionierung, Ionenaustauschchromatographie und Umkehrphasenchromatographie
  • Aufreinigung von Phosphopeptiden mittels Immobilisierter-Metallionen-Affinitätschromatographie (IMAC) und Titandioxid
  • Umgang mit –OMICS-Datensätzen, inklusive statistische Auswertung (R, SigmaPlot, GraphPad Prism), Anreicherungsanalysen (DAVID) und Signalweganalysen (KEGG, Inginuity Pathway Analysis)

Kooperationen

AG Dr. Ute Hempel
Institut für Physiologische Chemie, Medizinische Fakultät
Technische Universität Dresden
Fiedlerstraße 42, 01307 Dresden

AG PD Dr. Ulf Anderegg
Klinik und Poliklinik für Dermatologie, Venerologie und Allergologie, Medizinische Fakultät
Universität Leipzig
Philipp-Rosenthal-Straße 23, 04103 Leipzig

AG Prof. Dr. Tilo Pompe
Institut für Biochemie, Fakultät für Biowissenschaften, Pharmazie und Psychologie
Universität Leipzig
Johannisallee 21-23, 04103 Leipzig

AG Prof. Dr. Stefan Rammelt
Klinik und Poliklinik für Unfall- und Wiederherstellungschirurgie, Universitätsklinikum „Carl Gustav Carus“
Technische Universität Dresden
Fetscher Straße 74, 01307 Dresden

AG Prof. Dr. Lorenz Hofbauer
Medizinische Klinik III, Universitätsklinikum „Carl Gustav Carus“
Technische Universität Dresden
Fetscher Straße 74, 01307 Dresden


Publikationen

2016 (2)

  • Förster, Y., Schmidt, J.R., Wissenbach, D.K., Pfeiffer, S.E.M., Baumann, S., Hofbauer, L.C., von Bergen, M., Kalkhof, S., Rammelt, S., (2016):
    Microdialysis sampling from wound fluids enables quantitative assessment of cytokines, proteins, and metabolites reveals bone defect-specific molecular profiles
    PLOS One 11 (7), e0159580
    Volltext (URL)
  • Schmidt, J.R., Kliemt, S., Preissler, C., Moeller, S., von Bergen, M., Hempel, U., Kalkhof, S., (2016):
    Osteoblast-released matrix vesicles, regulation of activity and composition by sulfated and non-sulfated glycosaminoglycans
    Mol. Cell. Proteomics 15 , 558 - 572
    Volltext (URL)

2014 (1)

  • Kalkhof, S., Förster, Y., Schmidt, J., Schulz, M.C., Baumann, S., Weißflog, A., Gao, W., Hempel, U., Eckelt, U., Rammelt, S., von Bergen, M., (2014):
    Proteomics and metabolomics for in situ monitoring of wound healing
    Biomed Res. Int. 2014 , art. 934848
    Volltext (URL)